Andrzej Wajda był wielokrotnie nagradzany za swoją twórczość. W 1998 roku został laureatem weneckiego Złotego Lwa za dorobek życia[205]. W 2000 roku za całokształt działalności filmowej został uhonorowany Oscarem[206]. W 2006 roku, również za całokształt twórczości, otrzymał na 56. Międzynarodowym Festiwalu Filmów w Berlinie nagrodę Złotego Niedźwiedzia[207]. W swym dorobku ma także Złotą Palmę (1981)[208], Césara (1982)[8], japońską nagrodę Kyoto (1987)[209] i Europejską Nagrodę Filmową „Felix” (1990)[8]. Zafascynowany kulturą japońską, a także pragnąc podziękować za nagrodę Kyoto, Andrzej Wajda przyczynił się do powstania w 1994 roku Muzeum Sztuki i Techniki Japońskiej „Manggha” w Krakowie[210].
Był doktorem honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego[211], Uniwersytetu Warszawskiego[212], Uniwersytetu Gdańskiego[213], Uniwersytetu Łódzkiego[214], Uniwersytetu Pedagogicznego w Krakowie[215] i PWSFTViT[216]. Od 1994 roku należy do honorowych członków francuskiej Akademii Sztuk Pięknych[217].
Otrzymał tytuły honorowego obywatela Gdańska[218], Gdyni, Łodzi, Opola[219], Radomia[220], Suwałk[221], Warszawy[222] i Wrocławia. W 2009 roku został patronem gimnazjum wRudnikach[223]. Redakcja „Gazety Wyborczej” w uznaniu zasług Andrzeja Wajdy wyróżniła go tytułem Człowieka Roku 2008. W 2008 roku rada Polskiej Fundacji Katyńskiej nadała muMedal Dnia Pamięci Ofiar Zbrodni Katyńskiej, jednak Andrzej Wajda nie przyjął tego odznaczenia.
W dniu Narodowego Święta Odrodzenia Polski w 1974 roku otrzymał nagrodę państwową I stopnia, a w 1976 roku dyplom ministra spraw zagranicznych Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej.